Специалист в области материаловедения. Окончил МВТУ им. Н.Э. Баумана (1967), аспирантуру МГТУ (1971), к.т.н. (1971), д.т.н. (1998), профессор (2010). Работал в ВИАМ: старший научный сотрудник (1975), начальник сектора (1992), начальник лаборатории (2002–2015). Создатель нового научного направления в авиационном материаловедении – вакуумной плазменной технологии высоких энергий. Разработчик ионно-плазменного оборудования – установок МАП-1, МАП-1М, МАП-2, которые нашли широкое применение на моторостроительных предприятиях авиационной промышленности. Разработал ряд ионно-плазменных жаростойких, коррозионностойких и износостойких покрытий; технологические процессы нанесения защитных и упрочняющих покрытий. Под его руководством и при непосредственном участии освоено производство по выпуску трубных катодов для ионно-плазменных промышленных установок. Разработки, проводимые под руководством С.А. Мубояджяна, широко используются при производстве лопаток и других деталей авиационных ГТД III и IV поколений для самолетов МиГ-27, Су-27, Су-37, Ил-62, Ил-86, Ил-96, Ту-204 и других. Работы удостоены трех золотых медалей на международных выставках. Имел более 160 научных трудов и 76 авторских свидетельств и патентов РФ. Лауреат премии Совета Министров СССР (1986), премии Правительства РФ (2002), награжден медалями. В 2014 году удостоен звания «Почетный машиностроитель».